בדיון על בתי המשפט הצבאיים היו מחלוקות מובנות בין אלה שפעלו בתוך המערכת וסבורים כי נעשה בה צדק יחסי, לבין אלה שעומדים מולה ורואים בה חלק משלטון הכיבוש. שני המישורים בהם התנהל הדיון – הדיון העקרוני על נושא הצדק, והדיון המעשי על היבטים שונים של מערכת המשפט הצבאית – נותרים כשני קווים מקבילים שלא נפגשים.