ביום 30.6.2004, עשרה ימים לפני פרסומה של חוות דעתו של בית הדין הבינלאומי בעניין גדר ההפרדה, מפרסם בג”ץ את ההלכה הראשונה והחשובה בעניין הגדר ההפרדה –בג”ץ בית סוריק. 

בית המשפט קובע מתווה לפיו הבחינה המשפטית בבג”ץ תעשה ביחס לכל מקטע של הגדר באופן נפרד ולא ביחס לתוואי הגדר בכללותו. בעקבות הפסיקה מוגשות עתירות רבות נוספות, התוקפות גם הן את חוקיות התוואי במקטעים שונים של הגדר. הגשתן של עתירות אלה הביאה לתיקונו של תוואי הגדר במקטעים רבים, והביאה להפחתת הפגיעה ממנה סבלה האוכלוסיה הפלסטינית המקומית. הגם שרובן המכריע של העתירות נדחות בסופו של דבר, הרי שהדבר נעשה רק לאחר שמערכת הביטחון בוחנת את התוואי הקודם ובמקרים רבים מודיעה על שינויו. במקרים אלה ברור, שללא מעורבות בג”ץ לא הייתה מתרחשת הבחינה החוזרת והתיקון של תוואי הגדר.