השאלות סביב המעמד המשפטי של השטחים שנכבשו במלחמה התעוררו כבר עם תחילת הכיבוש וממשלת ישראל מצאה עצמה בניגוד אינטרסים ובמספר קשיים ודילמות בעניין זה.

דילמה אחת היתה שמדינת ישראל רצתה לשמור לעצמה את האפשרות להחזיק בשטחים שנכבשו ומצד שני לא רצתה לספח אותם אליה ולתת לתושביהם הפלסטינים אזרחות.

דילמה נוספת היתה שישראל רצתה לקיים את אמנת ז’נבה שאליה הצטרפה ב-1949 אולם באותו זמן לא רצתה לטעון שהיא כוח כובש בשטחים אלו וזאת על-מנת לא להכיר בזכותן של ירדן, מצרים וסוריה על אזורים אלה או בזכויות פוליטיות של התושבים הפלסטינים באותם שטחים. במילים אחרות ישראל רצתה להראות כמי שמיישמת את אמנת ז’נבה אולם חששה שיישום האמנה יהיה כהודאה בהיות השטח מוגדר מבחינה משפטית כ”כבוש”.

קושי שלישי, שהופיעה קצת מאוחר יותר, נבע מכך שחלק מהפרקטיקות הצבאיות והמנהליות שישראל השתמשה בהן באזורים הכבושים עמדו לכאורה בסתירה לכתוב באמנות ז’נבה. הדוגמא הובהקת היא זאת של ההתנחלויות. מעבר לאיסור הכללי, להכניס שינויים בשטח שאינם לטובת התושבים המקומיים או לצרכי ביטחון, סעיף 49 לאמנת ג’נבה הרביעית אוסר על העברת אוכלוסייה לשטח הכבוש:

“The Occupying Power shall not deport or transfer parts of its own civilian population into the territory it occupies”

ישראל טענה כי מדובר רק בהעברה (טרנספר) בכפייה, אך זוהי פרשנות שאיננה מתיישבת עם הטקסט. בתחילת הסעיף, כאשר נדון האיסור על גירוש או טרנספר מהשטח הכבוש, מצוין מפורשות כי מדובר בגירוש או טרנספר “כפוי”. ואילו הפסקה השישית אוסרת פשוט על העברת האוכלוסייה האזרחית של הכוח הכובש אל השטחים, ללא ה”כפוי” שהוזכר קודם לכן.

אמנת רומא, המהווה את חוקת בית הדין הפלילי הבינלאומי, קובעת כי העברה כזו היא בגדר פשע מלחמה, בתוספת שלא מופיעה באמנה המקורית, שמדובר בהעברה בין ישירה בין עקיפה. ישראל ראתה בתוספת זאת התייחסות ישירה להתנחלויות מטעמים פוליטיים, מה שהיווה את אחת הסיבות שבשלן לא אישררה ישראל את אמנת רומא ואף הצביעה נגדה בוועידת רומא, בזמנו. גרשום גרוננברג חשף בספרו The Accidental Empire כי כבר ב-1967 הוזהרה ממשלת ישראל כי תכניתה ליישב ישראלים בשטחים מנוגדת לדין הבינלאומי. תיאודור מירון, ששימש אז כיועץ המשפטי של משרד החוץ, התבקש לחוות דעתו בנושא. זו היתה כי “התיישבות אזרחית בשטחים המוחזקים סותרת הוראות מפורשות של אמנת ז’נבה הרביעית”. מירון ציטט את סעיף 49 לאמנת ז’נבה הרביעית ואת הפרשנות של הצלב האדום לאמנה (מ-1958), וקבע: “האיסור הוא איפוא איסור קטגורי, ואיננו מותנה במניעי ההעברה או במטרותיה והוא נועד למנוע התיישבות בשטח כבוש של בני המדינה הכובשת”. מירון הוסיף כי גם אם מיישבים צבא ולא אזרחים, “חייבים מבחינת המשפט הבינלאומי להתחשב בשאלת הבעלות על הקרקע”. מירון מצטט תקנות האג מ-1907, הנחשבות לחלק מן המשפט המנהגי המחייב את כל המדינות, וקובעות כי יש לכבד רכוש פרטי ואין להחרים אותו. בעתירות כלליות שהוגשו נגד מפעל ההתנחלויות, בג”ץ סירב באופן שיטתי לפסוק לגבי חוקיותן של ההתנחלויות והותיר פתוחה מבחינתו את השאלה האם הן נוגדות את סעיף 49 לאמנת ג’נבה הרביעית.

העמדה הישראלית הרשמית שאומצה ביחס לשטחים, והיוותה את הבסיס לעמדות ישראל בשאלות אלו גם בזירה הבינלאומית, טענה כי הגדה המערבית ורצועת עזה אינם שטח כבוש מבחינה פורמאלית.  זאת משום שהאזורים אמנם נכבשו תוך כדי לחימה, אבל הם נכבשו מ”כובשים לא לגיטימיים”. הממלכה הירדנית ההאשמית, למשל, טענה ישראל, כבשה את הגדה המערבית בעצמה במלחמה ב-1948, סיפחה אותה והחילה עליה את ריבונותה. אולם לפי הטענה הישראלית, הסיפוח הירדני של הגדה המערבית לא חוקי ואף זכה בשנים 1948 -1967 רק להכרה של שתי מדינות בעולם, בריטניה ופקיסטן. עקב חוסר הלגיטימיות של הסיפוח הירדני, טענה ישראל, ניתן לומר שהשטח לא נכבש מריבון לגיטימי וממילא אינו שטח כבוש במובן המקובל של המילה. אם השטח אינו כבוש במובן הפורמאלי של המילה, טענה ישראל, הוראות אמנת ז’נבה אינן מחויבות לחול בו. למרות זאת, ישראל כריבון צבאי תקיים בשטחים אלו, מתוך רצון טוב, את דיני המלחמה בהקשר ההומניטרי של הוראות אמנת ג’נבה, ותתן להם מעמד של “תושבים מוגנים” על פי האמנה.

הרעיון הזה של החלת אמנת ז’נבה מרצון ולא מתוך חובה נתפש בתחילה על ידי גורמים רבים כצעד נאור מצד ישראל. לאורך זמן, אולם, התגלו כמה תופעות לוואי שאין לדעת אם נלקחו בחשבון באותו זמן או לאו. אחת מההשלכות למצב זה הן שהתושבים והשטח בו הם חיים קיבלו מבחינת ישראל מעמד משפטי נפרד ושונה. האדמה איננה כבושה. התושבים שעליה – כן. ביקורת שנייה על הגישה הישראלית הנ”ל (שקיום אמנת ג’נבה בשטחים נעשית מתוך בחירה ולא מתוך חובה) היא שהיא נתנה בידי ישראל את האפשרות לבחור מה מתוך הדין הבין לאומי עליה ליישם ומה לא. אפשרות בחירה זו, ולא קבלה של הדין הבין לאומי כ”מקשה אחת” רוקנה, לטענת המבקרים, את מושג דיני הכיבוש מתוכן. ישראל, טוענים מבקריה, מצטיירת כמי שמיישמת את הדין הבין לאומי אבל בפועל אינה מיישמת אותו.

בעשורים שבאו לאחר מכן המשיך הדיון על המעמד המשפטי של השטחים להתקיים ולהשתנות לאור שינויי הנסיבות (ההתנחלויות הישראליות, הסכמי קמפ דיויד, תהליך אוסלו, האינתיפאדות וכו’) וגם היום ממשיך הדיון להתקיים – ביוני 2012 פורסמו מסקנותיה של ועדת בדיקה בראשות השופט העליון בדימוס אדמונד לוי שמונתה על ידי ממשלת ישראל בשנת 2011. ועדה זו קבעה כי אין לראות בשטחים “שטח כבוש” וממילא ניתן להכשיר בדיעבד בנייה בלתי חוקית ישראלית בשטחים, כולל על שטחים פלסטיניים פרטיים. לעת עתה לא אמצה ממשלת ישראל מסקנות אלו.

בפרק המוקדש למערכת בתי המשפט הצבאיים אפשר לראות כיצד שונתה במקצת החקיקה הקשורה בבתי המשפט על מנת לעדכנה לגישה זו שנוסחה ואומצה על ידי הדרג המדיני, וכל זאת תוך חודשים לאחר הכיבוש עצמו.